A partir de la declaración independencia de la República de Bolívar en 1825, Tupiza y los territorios circundantes pasaron a ser parte del nuevo país (luego denominado Bolivia). Desde entonces hasta la Guerra del Pacífico, Argentina reclamaba esos territorios, hasta casi llegar a una guerra.

En 1865, durante el gobierno militar de Mariano Melgarejo, el general Celedonio Ávila organizó en Tupiza una rebelión en contra del presidente. Fue así que el 18 de julio de ese año el general Ávila organizó una columna de infantería, caballería y artillería y marchó hacia Tarija para tomar la ciudad.

El 25 de noviembre de 1895 el presidente Mariano Baptista decretó que Tupiza fuera oficialmente reconocida como ciudad, convirtiéndose en capital de la Provincia de Sur Chichas.