Entre 1535 y enero de 1536, tuvo la presencia de españoles, que lo usaron como base de aprovisionamiento para la expedición de Diego de Almagro a Chile.3​ No se sabe si la población fue creada o fundada por el propio Almagro o por su adelantado Juan de Saavedra, jefe de una partida exploratoria, de ser cierta esta creencia, Tupiza sería junto con Paria (fundada en las mismas circunstancias) la ciudad española más antigua de Bolivia, y la segunda más antigua no fundada por los españoles.

Esto se refrendaría en la existencia de registros notariales que nombran a españoles como vecinos de Tupiza ya en 1539, el mismo año de la fundación de Chuquisaca. En 1542 Tupiza y el resto de la región pasó a formar parte del Virreinato del Perú.

En otra versión se presumía que Tupiza fue fundada el 4 de junio de 1574 por Luis de Fuentes y Vargas, quien se encaminaba por el valle a establecer la Villa de Tarija,4​ aunque esto sería desmentido debido a documentos de fechas anteriores a la mencionada, donde se menciona a un pueblo con el nombre de Tupiza, Topeza, Topisa o Tupica.5​ Desde 1776, la actual región de Sud Chichas y el este de Sud Lípez formaban parte del Virreinato del Río de la Plata.